A San Francisco FC Tartalék az egyik legsikeresebb tartalékcsapat Panama labdarúgásában. A csapatot 1989-ben alapították, és azóta is a panamai Primera Divisiónban játszik.

A tartalékcsapat eddigi legnagyobb sikere az 1993-as Apertura bajnoki cím, kilenc másod- és harmadik hellyel együtt. A csapatot edzettek olyan neves edzők, mint James Galvis és Óscar Upegui.

A San Francisco FC Tartalék számos híres játékost adott a Panama labdarúgásnak, többek között Román Torres, Blas Pérez és Luis Tejada.